Klaipėdos Prano Mašioto progimnazija įkurta 1997 metais Lietuvos krikščionių demokratų partijos Klaipėdos skyriaus narių ir monsinjoro Jono Gedvilo iniciatyva
Mokykla pavadinta pedagogo ir vaikų literatūros rašytojo Prano Mašioto garbei. Jis 1924–1929 metais vadovavo lietuviškai gimnazijai Klaipėdoje
Pirmaisiais veiklos metais mokykla veikė Klaipėdos Ievos Simonaitytės vidurinės mokyklos patalpose, paskui persikėlė į naują pastatą Varpų gatvėje 3. 2008 metais ji reorganizuota į pagrindinę mokyklą, o nuo 2011 m. rugsėjo 1 d. tapo progimnazija
Progimnazijos ugdymas grindžiamas krikščioniškomis vertybėmis
